135 papers
Systeembiologie kijkt niet naar losse onderdelen van het leven, maar naar hoe al die delen samenwerken als één groot, dynamisch geheel. In plaats van alleen genen of eiwitten te bestuderen, proberen onderzoekers in dit veld de complexe netwerken te begrijpen die cellen en organismen in stand houden. Het is de kunst om het grote plaatje te zien, waar duizenden interacties samenwerken om leven mogelijk te maken.
Op Gist.Science volgen we nauwgezet elke nieuwe preprint op bioRxiv binnen deze discipline. Wij verwerken elk onderzoek direct na publicatie en bieden zowel een toegankelijke samenvatting in gewone taal als een gedetailleerde technische analyse, zodat zowel leken als experts de inzichten kunnen benutten. Hieronder vindt u de meest recente bijdragen aan dit snel evoluerende veld, direct van bioRxiv en nu voor u uitgelicht.
Dit onderzoek toont aan dat het combineren van postmortale metabolomics met machine learning op basis van Zweedse forensische data een nauwkeurige methode biedt om ketoacidose te detecteren en te subtyperen in forensische casuïstiek.
GRNFormer is een generaliseerbaar framework op basis van graftransformers dat nauwkeurige en schaalbare afleiding van genregulatienetwerken mogelijk maakt uit transcriptomics-data van verschillende soorten en platforms zonder voorafgaande annotaties.
Dit onderzoek van het MoTrPAC-consortium identificeert duizenden acute moleculaire veranderingen in bloed (transcripten, eiwitten en metabolieten) als reactie op uithoudings- en krachttraining, waardoor nieuwe inzichten worden verkregen in de systemische gezondheidseffecten van beweging.
Deze studie toont aan dat de sterkte van de bindingsplaats in de promotor de genexpressie het sterkst beïnvloedt, gevolgd door de lokalisatie en concentratie van transcriptiefactoren, terwijl variaties in affiniteit voornamelijk worden gebufferd, wat inzicht geeft in de onderlinge afwegingen tussen deze trans-regulerende factoren.
Deze studie van het MoTrPAC-consortium beschrijft met behulp van multi-omics de tijdsgebonden moleculaire veranderingen in onderhuids buikvet na een enkele inspanning bij sedentaire volwassenen, waarbij zowel duur- als krachttraining unieke programma's activeren die bijdragen aan metabole gezondheid.
Dit paper introduceert MAPLE, een raamwerk dat gestructureerde validatieschema's gebruikt om de samenwerking tussen grote taalmodellen en modelbouwers te sturen bij het kalibreren van kwantitatieve systemfarmacologie-modellen, waardoor hallucinaties worden tegengegaan en reproduceerbare, goed gedocumenteerde data-extractie wordt gewaarborgd.
Dit onderzoek combineerde netwerkfarmacologie met experimentele validatie om TUDCA en arundine te identificeren als veelbelovende hergebruikskandidaten voor de behandeling van de ziekte van Alzheimer, die ziekte-relevante moleculaire fenotypes herstellen door in te werken op G-eiwitsignalering.
Dit artikel introduceert de Toroidal Search Algorithm (TSA), een nieuwe metaheuristische optimalisatiemethode die geïnspireerd is op de topologie van een torus om grensproblemen op te lossen en die bewezen superieure prestaties levert bij het bepalen van parameters in complexe modellen voor mathematische oncologie.
Dit paper introduceert TwinCell, een groot causaal celmodel dat getraind op *in vitro*-data wordt gebruikt om therapeutische doelen te identificeren en te interpreteren door signaalpaden te analyseren, waardoor het beter presteert dan bestaande methoden en klinisch relevante inzichten biedt zonder ziektespecifieke supervisie.
Deze studie van het MoTrPAC-consortium toont aan dat acute uithoudings- en weerstandstraining in het menselijke skeletspierweefsel unieke en gedeelde moleculaire handtekeningen oproepen, waarbij epigenetische en metabolische veranderingen voorafgaan aan transcriptomische en proteïnome-antwoorden die worden gereguleerd door factoren zoals MEF2A en NFIC.